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1、技術(shù)路線
2、應(yīng)用案例
1. linked read sequencing解決胃癌轉(zhuǎn)移中復(fù)雜的基因組重排問題
基因組重排是許多惡性腫瘤中關(guān)鍵的致癌驅(qū)動(dòng)事件。然而，即使使用全基因組測(cè)序，癌癥基因組重排的結(jié)構(gòu)鑒定和分辨仍然具有挑戰(zhàn)性。
本文研究者通過10x Genomics的linked-reads方法結(jié)合測(cè)序來鑒定致癌基因組重排。該方法依賴于微流體液滴技術(shù)，文庫來自于大于或等于50kb的單個(gè)高分子量DNA分子。測(cè)序后，根據(jù)barcode序列將短reads拼接成長(zhǎng)reads，從而提供長(zhǎng)片段的基因組信息，識(shí)別單個(gè)高分子量DNA分子，分析在連續(xù)的兆堿基長(zhǎng)度基因組片段上發(fā)生的基因突變的單體型，并描繪復(fù)雜重排的結(jié)構(gòu)。研究人員將全基因組的linked read測(cè)序應(yīng)用于同一個(gè)個(gè)體發(fā)生的一組同步轉(zhuǎn)移性彌漫性胃癌的分析。
當(dāng)比較轉(zhuǎn)移部位時(shí)，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移性腫瘤中存在復(fù)雜的體細(xì)胞重排。而與此復(fù)雜重排相關(guān)的致癌事件導(dǎo)致了已知癌癥驅(qū)動(dòng)基因FGFR2的擴(kuò)增。使用這些linked read數(shù)據(jù)進(jìn)一步研究，FGFR2拷貝數(shù)改變被確定為一個(gè)經(jīng)歷串聯(lián)重復(fù)的缺失-倒位基序，每個(gè)轉(zhuǎn)移都具有獨(dú)特的斷裂點(diǎn)。同時(shí)研究人員使用三維有機(jī)體組織模型驗(yàn)證了胃癌中FGFR2擴(kuò)增的轉(zhuǎn)移潛力。
我們的研究表明，基于10x Genomics的llinked read測(cè)序可用于表征癌癥轉(zhuǎn)移中的致癌重排。
參考文獻(xiàn)：Greer S U, Nadauld L D, Lau B T, et al. Linked read sequencing resolves complex genomic rearrangements in gastric cancer metastases[J]. Genome Medicine, 2017, 9(1): 57.
2. 10x Genomics應(yīng)用于三陰性乳腺癌的基因組突變分析
三陰性乳腺癌（TNBC）細(xì)胞不表達(dá)雌激素受體、孕激素受體或人表皮生長(zhǎng)因子受體2。目前，除了聚ADP-核糖聚合酶抑制劑外，對(duì)于這種類型的癌癥幾乎沒有有效的治療選擇
本文通過高覆蓋全基因組測(cè)序與轉(zhuǎn)錄組和全外顯子測(cè)序，介紹了TNBC基因突變的綜合表征。
BRCA1基因沉默損害了TNBCs亞組中的同源重組通路，與BRCA1突變的腫瘤表現(xiàn)出相似的表型；他們富集了許多結(jié)構(gòu)變異（SV），相對(duì)豐富了串聯(lián)重復(fù)?？寺》治霰砻?span>TP53突變和BRCA1啟動(dòng)子中CpG二核苷酸的甲基化是癌發(fā)生的早期事件。SV與驅(qū)動(dòng)致癌事件相關(guān)，例如MYC、NOTCH2或NOTCH3的擴(kuò)增和受影響的抑癌基因包括RB1，PTEN和KMT2C。此外，我們確定了推斷的TGFA增強(qiáng)子區(qū)域。影響TGFA增強(qiáng)子區(qū)域的復(fù)發(fā)性SVs增強(qiáng)TGFA致癌基因的表達(dá)，其編碼表皮生長(zhǎng)因子受體的高親和力配體之一。研究人員還確定了可以轉(zhuǎn)化3T3小鼠成纖維細(xì)胞的多種致癌基因，這表明個(gè)體TNBC腫瘤可能經(jīng)歷可以靶向的獨(dú)特的驅(qū)動(dòng)事件。因此，本文揭示了TNBC的幾個(gè)特征，具有重要的臨床意義。
參考文獻(xiàn)：Kawazu M, Kojima S, Ueno T, et al. Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency[J]. PLoS Genetics, 2017, 13(6): e1006853.