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1、技術(shù)介紹
DNA甲基化在基因表達(dá)調(diào)控中扮演著重要的角色，參與生物體多種重要的生命活動。此外，DNA甲基化異常及其對基因表達(dá)的影響會導(dǎo)致人類的許多復(fù)雜疾病的發(fā)生，如癌癥、神經(jīng)疾病和糖尿病等。為了研究甲基化在人體內(nèi)的重要作用，加速甲基化研究的臨床進(jìn)展，Illumina推出了高通量的450k甲基化芯片，并取得巨大成功。在此基礎(chǔ)上，Illumina推出了新一代的升級版甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip（簡稱850k芯片），為研究者提供了一個更經(jīng)濟(jì)可靠的甲基化研究平臺。
Infinium MethylationEPIC BeadChip（簡稱850k芯片）
850K芯片可檢測人全基因組約853,307個CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，其中包含了原450K芯片91%的位點(diǎn)，并增加了413,745個位點(diǎn)。850K芯片不但保持了對CpG島，基因啟動子區(qū)的全面覆蓋，還特別加強(qiáng)了增強(qiáng)子區(qū)（來源于ENCODE及FANTOM5的最新研究進(jìn)展）及基因編碼區(qū)的探針覆蓋?？蓮V泛應(yīng)用于干細(xì)胞研究、腫瘤和其他復(fù)雜疾病研究，是更適合于表觀基因組全關(guān)聯(lián)分析研究（EWAS）的一款芯片。
850k芯片覆蓋位點(diǎn)
1. 涵蓋Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中90%以上的位點(diǎn)
2. CpG島以外的CpG位點(diǎn)
3. 人類干細(xì)胞中的非CpG甲基化位點(diǎn)（CHH位點(diǎn)）
4. 正常組織與腫瘤（多種癌癥）組織差異甲基化位點(diǎn)
5. FANTOM5增強(qiáng)子
6. ENCODE開放染色質(zhì)和增強(qiáng)子
7. 脫氧核糖核酸酶超敏位點(diǎn)
8. miRNA啟動子區(qū)域
850k芯片優(yōu)勢
1. 全面的基因組覆蓋范圍：檢測> 850,000個CpG位點(diǎn)，全面覆蓋CpG島、啟動子、編碼區(qū)及增強(qiáng)子。
2. 高質(zhì)量的數(shù)據(jù)：沿用了450k芯片的Infinium技術(shù)，同時采用Infinium I及II探針設(shè)計，使檢測范圍最大化。
3. 分辨率高：單堿基分辨率，可以直接檢測到發(fā)生甲基化的準(zhǔn)確位點(diǎn)。
4. 可重復(fù)性高：自身技術(shù)重復(fù)間的相關(guān)性以及與450K相同探針間的相關(guān)性R2 > 0.98。
5. 起始模板量低：僅需 250ng，大大節(jié)約了樣品量。
6. 適用于FFPE樣本。
2、技術(shù)路線
3、樣品要求
1. 樣品總量：每個樣品總量不少于2ug。
2. 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/ul。
3. 樣品純度：OD 260/280值應(yīng)在1.7～1.9 之間。
4. 樣品質(zhì)量：基因組完整、無降解、無RNA污染。
5. 樣品運(yùn)輸：DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）；且在運(yùn)輸過程中請用封口膜將樣本密封好，以防出現(xiàn)污染。